Stage 2: SCALE
真幾的調查結果，為高太初其實是間貫一的假設，提供了進一步的理據。高太初有尋死的傾向，而間貫一也有轉換身分的動機。事情的始末，必須追索到戰爭結束前一年，少年黨的起義和失敗，以及阿派朗研究計劃如何被牽連進去。
少年黨的成員，全部都是來自十年前的「小菩薩」計劃。當時零師父召集了十四個擁有異能的孩子，進行兒童超心智力研究。後來發現政府有意介入，為了保護孩子們的安全，零師父宣布中止研究，解散「小菩薩」。可是，成員們在計劃裡形成了強烈的連結，之後一直保持緊密聯繫，甚至發展為情侶。在戰爭結束前一年（即 BP 1），他們自發組成了少年黨，試圖運用超心智力推翻維城政權，推行 Isonomia 管治。
起義初期，維城政府鎮壓無效，軍警傷亡慘重，最新型的電子武器被大量摧毀，官方系統被全面壓制。不少民眾響應起義，其中以年輕人為主，政府部門受到衝擊，首長紛紛逃亡，維城陷入管治真空。位於南海和東海的敵軍蠢蠢欲動，北方的友軍亦虎視眈眈，維城隨時成為大規模爭奪戰的戰場。最後事態卻因為少年黨其中一位核心成員的背叛，而發生大逆轉。少年黨全面敗北，成員被捕後慘死獄中，除了出賣者良，和他的伴侶知。
鎮壓有功的保安局局長葉大輔成為了維城的實際掌權者，並於戰後當選執政官。而他原本的下屬高太初，則由科技小組組長升任保安局局長。但我們疑懷，此時的高太初，其實已經被間貫一取代。
零師父在佩前四年（BP 4）死後，大師兄間貫一成為阿派朗計劃的領導人，掌管圓形研究所。少年黨人起義之後，葉大輔曾經傳召我們提出對策，因為這群人原本是「小菩薩」計劃的成員。他認為我們一定掌握克制他們的方法。間師兄採取拖延策略，沒有積極回應，令葉大輔十分不滿。後來少年黨人被捕，葉大輔再次傳召我們，要求我們破解他們的守護靈，擷取有價值的心智力研究資訊。間師兄受到強力施壓，開始動搖，考慮和保安局合作。他的理由是，從科學研究的角度，這十四個異能少年是無價的瑰寶。他們的超心智力是零師父一手培養出來的，任由他們白白死去，是巨大的損失。但是，間師兄的太太，副所長牟兩儀師姐卻大力反對，覺得這樣是對師父的背叛。兩人之間出現了激烈的爭論，到了要決裂的地步。
一直等不到回覆的葉大輔老羞成怒，把十二人折磨至死。這時候牟師姐才提出到獄中探訪。葉大輔讓間師兄、牟師姐、三師弟和我進入牢房，向我們展示十二人的悲慘死狀，還惡意地表示，這是我們一手造成的結果。間師兄和三師弟都當場崩潰了，只有二師姐保持鎮定，詳細檢視每一個死者的身體。
回到研究所之後，師姐跟我們說：我把孩子們帶回來了，我不會讓他們枉死的！原來師姐把剛死去不久的十二人還未消散的靈魂，全部都招在自己身上。牟師姐是天生的靈媒，但同時讓十二個怨靈附身，結果必然超出負荷。而且，這時候師姐已經有了七個月的身孕。雙胞胎出生後不久，師姐便精神崩潰了。我日以繼夜地用讀心的方法，把靈魂從師姐身上提取出來，總共花了兩個月才完成。但這時候師姐的身心已經完全破碎，無法復元了。間師兄悲痛莫名，覺得是自己的過錯，而三師弟則發誓要幫十二個少年和二師姐復仇。
與此同時，葉大輔持續向我們施壓，要求我們交出十二人的靈魂的研究結果。到了次年二月，即大戰結束前兩個月，圓形研究所發生大爆炸。我和三先生開頭也認為是葉大輔在背後策劃的，用意是剷除我們這些擁有高端科技知識但又不聽話的人。經過了少年黨事件，他對超心智力和靈魂工程學又覬覦又猜忌。這種強大的力量既可以是助力，也可以是威脅。問題是如何去駕馭它，把它收為己用。
